Fakultas Sains Dan Teknologi (FST) secara resmi berdiri berdasarkan Permenristekdikti NO. 51 Tahun 2018 tentang Pendirian, Perubahan, Pembubaran Perguruan Tinggi Negeri, dan Pendirian, Perubahan, Pencabutan Izin Perguruan Tinggi Swasta pada tanggal 11 Februari 2019. Fakultas Sains dan Teknologi mengelola 3 (tiga) Program Studi (Prodi) yang terdiri dari Prodi Informatika, Prodi Sistem Informasi dan Prodi Teknik Industri.

Berdirinya  Fakultas  Sains dan Teknologi  diawali  dengan 1 tahun berdirinya Universtas KH. Bahaudin Mudhary Madura (UNIBA Madura) pada tahun 2019 yang awalnya masih Sekolah Tinggi KH. Bahaudin Mudhary Madura (STIEBA Madura) pada tahun 2018. Fakultas  Sains dan Teknologi UNIBA Madura didirikan karena adanya keinginan untuk memajukan perekonomian khususnya di wilayah Madura dengan menciptakan lulusan yang cerdas unggul dalam IPTEK. Fakultas Sains dan Teknoplogi memiliki 3 (tiga) program studi yaitu, program studi Informatika, program studi Sistem Informasi dan program studi Teknik Industri yang dimana seluruh program studi berdiri pada tahun 2019. Khusus Informatika awal terdaftar dengan nama program studi Ilmu Informatika kemudian berubah menjadi program studi Informatika. Sedangkan program studi yang lain masih tetap sama mulai dari awal pengajuan sampai saat ini.

Dalam perkembangan selanjutnya, program studi Informatika dan Sistem Informasi mengacu kepada , sistem pengkodean Program Studi dari DIKTI (Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi) dan rekomendasi dari APTIKOM (Asosiasi Perguruan Tinggi Informatika dan Ilmu Komputer) dan sebagai acuan kurikulum, sedangkan program studi Teknik Industri sistem pengkodean Program Studi dari DIKTI (Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi) dan rekomendasi dari BKSTI (Badan Kerjasama Penyelenggara Pendidikan Tinggi Teknik Industri) serta sebagai acuan kurikulum.