Sistem informasi menjadi salah satu jurusan dari fakultas Teknik yang banyak diminati oleh calon peserta didik tingkat perguruan tinggi yang berada di Sumenep. Jurusan ini mempelajari berbagai bidang, tidak hanya bidang teknologi sistem informasi di UNIBA juga menyediakan pembelajaran mengenai manajemen dan bisnis. Sistem Informasi di UNIBA menyediakan fasilitas yang sangat cukup sebagai penunjang mahasiswa dalam mendalami bidang IT.

Sistem belajar mengajar dalam jurusan SI di UNIBA sama halnya dengan jurusan lainnya menggunakan metode face to face yang mengharuskan mahasiswa lebih interaktif, kemudian juga terdapat praktikum pada mata kuliah programming yang bertujuan untuk melatih skill dan softskill setiap peserta didik.

Adapun lulusan dari jurusan Sistem Informasi ini dapat memiliki prospek kerja yang cukup beragam dan akan dibutuhkan oleh beberapa instansi. Antara lain Programmer (Software Developer), Data scientist, Research and Development (RnD), UI/UX Designer, bahkan Content Creator dan Digital Marketing.